در اکثر سازمانها گردش نامه ها و حفظ سوابق از مهمترین امور جاری سازمان بوده و همواره هزینه انسانی و مالی زیادی را بر سازمانها تحمیل می نماید. بنابراین جهت کاهش هزینه ها استفاده از سیستم های مکانیزه ضروری به نظر می رسد. اتوماسیون اداری ابزاری قدرتمند و انعطاف پذیر برای افزایش یکپارچگی، مدیریت اسناد و مدارک، کاهش هزینه ها و افزایش بهروری سازمان می باشد.

دبیرخانه الکترونیک دانشگاه برای اولین بار در سال 1381 با تعداد انگشت شمار کاربر راه اندازی شد، با گسترش واحدهای دانشگاه و پوشش شبکه در کلیه مناطق استان، نسخه تحت وب با هدف توسعه این سامانه در کل استان و دسترسی راحت تر کاربران در هر مکان و زمان، در سال 1394 راه اندازی شد. در این راستا تاکنون 3253 نقش سازمانی فعال با 2354 کاربر فعال با احتساب 10000 نفر ساعت ایجاد شد و تقریبا کل شبکه ها و مراکز بهداشتی علی الخصوص خانه های بهداشت به این سامانه متصل شدند که کاهش بسیار چشمگیری را در بحث هزینه ها و سرعت ارسال مکاتبات فراهم نمود.

یکی از اهداف اصلی و مهم این سامانه، اجرای دولت الکترونیک در راستای تکریم ارباب رجوع و کاهش هزینه ها می باشد که بر این اساس دانشگاه توانسته است با طراحی 28 فرم الکترونیک هوشمند و 12 فرآیند الکترونیک با احتساب4000 نفر ساعت و ده ها گزارش مدیریتی، گامی موثر در این مسیر بردارد که این روند همچنان ادامه دارد.